Орден Братьев Меньших Капуцинов в Украине

Храм был основан в 1745 году Людовиком Калиновским. Освящён в 1761 году епископом Антонием Воловичем. На протяжении нескольких лет этот храм дважды становился приходским, однако большей частью братья капуцины занимались душпастырством посреди бедной части населения города. В 1888 году монахов вынудили покинуть монастырь. Храм не разрушили при условии, что в нём будут служить только епархиальные священники.

1932 год – большевистская власть закрывает храм. Но во время оккупации немецких войск храм удалось открыть и даже отреставрировать, после чего он действовал до 1961 года.

Коммунистическая власть, отдавая храм под лекторий общества «Знания», где читались лекции атеизма, перестроила также интерьер и фасад святыни. Благодаря молитвам и страданиям преследованных католиков в 1991 году храм был возвращён римско-католической общине города Винницы. После реставрации согласно первичного проекта в стиле тосканского барокко, храм был освящён епископом Ежи Домбровским из Варшавы. В начале восстановления прихода душпастырскую работу здесь исполняли священники из Общества Христова, но с 1992 года в свой монастырь вернулись братья капуцины: почти через 100 лет после изгнания их царём.

В мае 1999 года был проведен первый концерт на отреставрированном органе, который ранее был варварски испорчен. Первоначально этот инструмент находился в храме доминиканов, а через время в зале филармонии, который позднее отдали православной церкви. Остатки интрумента благодаря мастерким стараниям польской фирмы Ежи Кукли были прекрасно восстановлены.

В 2003 году, благодаря помощи областной администрации, был полностью отремонтирован фасад монастыря.

29 июня 2004 года - в фасадном окне храма был помещен новый витраж, сделанный техникой анитичного стекла в Chartres (Франция).

2006 год - начались работы по восстановлению дубовой алтарной стенки, проект был выполнен по старым фотографиям Вжеславом Журавским.